شلتوت فقط عمل به فقه شیعه را جایز می‌داند یا به کلی، برای شیعه شدن نیز اجازه داده است.
آنچه از شیخ شلتوت درباره مذهب شیعه موجود است، فتوای تاریخی ایشان درباره جواز پیروی از مذهب شیعه (فقه شیعه) است. وی در پاسخ به پرسشی درباره پیروی از مذهب شیعه با صراحت می‌نویسد: «پیروی از مذهب شیعه مانند مذاهب دیگر اسلام بلامانع است»، ولی
آنچه از شيخ شلتوت درباره مذهب شيعه موجود است، فتواي تاريخي ايشان درباره جواز پيروي از مذهب شيعه (فقه شيعه) است. وي در پاسخ به پرسشي درباره پيروي از مذهب شيعه با صراحت مي‌نويسد: «پيروي از مذهب شيعه مانند مذاهب ديگر اسلام بلامانع است»، ولي اينكه جواز شيعه شدن را نيز داده باشد، در متن تصريح نشده است. البته لازمه جواز عمل به فقه شيعه و تأييد آن، جواز رجوع به مذهب شيعه نيز خواهد بود؛ زيرا در اصول و ضروريات دين، ميان شيعه و اهل سنت اختلاف زيادي وجود ندارد.[1]
شيخ شلتوت اين‌گونه پاسخ داده است:
آيين اسلام هيچ يك از پيروان خود را به پيروي از مكتب معيني ملزم نكرده، بلكه هر مسلماني مي‌تواند از هر مكتبي كه به‌طور صحيح نقل شده و احكام آن در كتاب‌هاي مخصوص به خود، مدون شده، پيروي كند. كسي كه مقلد يكي از اين مكتب‌هاي چهارگانه باشد، مي‌تواند به مكتب ديگري (هر مكتبي كه باشد) منتقل شود.
مكتب جعفري، معروف به مذهب امامي اثني عشري، مكتبي است كه به‌طور شرعي پيروي از آن مانند پيروي از مكتب‌هاي اهل سنت، جايز است. بنابراين سزاوار است كه مسلمانان اين حقيقت را دريابند و از تعصب ناحق و ناروايي كه نسبت به مكتب معيني دارند، دوري گزينند؛ زيرا دين خدا و شريعت او تابع مكتبي نيست و در احتكار و انحصار مكتب معيني نخواهد بود. همه صاحب مذهبان، مجتهد هستند و اجتهادشان مورد قبول درگاه باري تعالي است و كساني كه اهل نظر و اجتهاد نيستند، مي‌توانند از هر مكتبي كه مورد نظرشان است، تقليد و از احكام فقه آن پيروي كنند و در اين مورد فرقي ميان عبادات و معاملات نيست.[2]