به گزارش پایگاه اطلاع رسانی حج، براساس نظر بسیاری از مفسران، مراد از مسجدی که در آیه ۱۰۸ توبه که آنجا را برای اقامه نماز، سزاوارتر می‌داند، همان مسجد قبا است:

لَا تَقُمْ فِیهِ أَبَدًا لَّمَسْجِدٌ أُسِّسَ عَلَی التَّقْوَیٰ مِنْ أَوَّلِ یوْمٍ أَحَقُّ أَن تَقُومَ فِیهِ فِیهِ رِجَالٌ یحِبُّونَ أَن یتَطَهَّرُوا وَاللَّهُ یحِبُّ الْمُطَّهِّرِینَ

هرگز در آن جا نایست، چرا که مسجدی که از روز نخستین بر پایه تقوا بنا شده، سزاوارتر است که در آن [به نماز] ایستی. [و] در آن، مردانی‌اند که دوست دارند خود را پاک سازند، و خدا کسانی را که خواهان پاکی‌اند دوست می‌دارد.

آیه مذکور برای مسجد قبا دو ویژگی مهم بیان می‌کند، یکی سزاوارتر بودن اقامه نماز در این مسجد و دیگری وجود مردانی در آن است که دوستدار طهارت و پاکی هستند.

مسجد قبا قبلا در روستایی به همین نام در ۶ کیلومتری مدینه قرار گرفته بود اما امروزه این مسجد و روستای مذکور جزو شهر مدینه به شمار می‌رود. علت نامگذاری مسجد به این نام را ساخته شدن مسجد در کنار روستای قبا ذکر کرده‌اند، که خود روستا هم به خاطر دارا بودن چاه معروفی به همین نام، قبا نامیده شده است.

پیامبر اکرم (ص) در سال اول هجری، پیش از ورود به مدینه به درخواست مردم ساکن در محله یا منطقه قبا، دستور ساخت این مسجد را صادر کردند. ورود آن حضرت به قبا را مورخان روز دوشنبه، دوازدهم یا چهاردهم ربیع الاول نوشته‌ و آورده‌اند که ایشان در مدت اقامت یک هفته‌ای خود در قبا مسجدی را با همکاری مسلمانان بنا کرد.

در برخی منابع آمده که ساخت این مسجد به پیشنهاد عمار یاسر بوده و برخی نوشته‌اند که عمار در ساخت این مسجد نقش اول را داشته و نخستین فرد در اسلام است که مسجد ساخته است.

رسول خدا(ص) فرمود: هرکس در خانه خود وضو بگیرد و سپس به مسجد قبا آید و در آن نماز بخواند پاداش یک عمره خواهد داشت.

مسجد قبا در نزد حضرت رسول(ص) دارای اهمیت و ارزش خاصی بود. به‌گونه‌ای که در روایتی آمده است: حضرت بعد از سکونت در مدینه، هر هفته روزهای شنبه به صورت پیاده یا سواره برای اقامه نماز به مسجد قبا می‌آمدند.

این مسجد دارای چندین شبستان است که هر کدام گنبد مخصوص دارد.