هنیه در سال ۱۹۶۲ در اردوگاه مخیم الشاطئ در نوار غزه به دنیا آمد. او پس از تحصیل در دانشگاه اسلامی غزه در سال ۱۹۹۷ به ریاست دفتر حماس منصوب شد. هنیه در انتخابات فلسطین در سال ۲۰۰۶ پیروز شد و به این ترتیب دهمین نخستوزیر کشور فلسطین شد. تا اینکه محمود عباس در سال ۲۰۰۷ هنیه را در اوج درگیری فتح و حماس از سمت خود برکنار کرد، اما هنیه به اعمال قدرت نخستوزیری در نوار غزه ادامه داد. او در ۶ مه ۲۰۱۷ به عنوان رئیس سیاسی حماس انتخاب شد.